As despesas de custeio, ou custos de manutenção, referem-se à aquisição de bens de consumo ou à contratação de serviços necessários à melhoria do desempenho da escola. 

A parcela dos recursos do PDDE que pertence à categoria de custeio destina-se a cobrir despesas relacionadas aquisição de material de consumo (materiais de expediente, limpeza, construção, etc.) e contratação de serviços (manutenção hidráulica, elétrica, jardinagem etc.).